日本FBA物流跨境电商的其主要商业模式是线上展示、线下交易的外贸信息服务模式。海运国家均采取了较强的支持保护政策，实施不同程度的货载保留、货载优先、财政补贴、税收优惠等政策。第三方平台前期的主要功能是为企业信息和产品提供一个网络展示平台，并不涉及网络上的任何交易环节。此时，第三方平台的盈利模式主要是通过向展示信息的企业收取公开员工费用。在跨境电子商务的早期发展过程中，跨境电子商务交易具有供应商提供的一站式信息流增值服务，如投标、推产、咨询服务等。，尤其是数码产品的跨境贸易，超出了海关等政府相关部门的有效监管、统计和关税征收范围。
跨境电子商务与传统国际贸易的区别
与跨境电商相比，传统国际贸易意味着0线下跨境贸易，即普通的货物进出口贸易。日本FBA物流从国际贸易传统的出口流程来看，出口公司和进口公司通过协商签订合同后，经过“货、证、运、付”四个业务流程，然后就完成了外贸操作。如果进口商要求，出口商要办理保险，然后准备结汇的单据，办理出口退税。然而，货物进口的过程与出口的过程相反。进出口双方签订合同后，申请进口许可证，然后结汇、进口报关、申请进口检验。在跨境电商出口过程中，商品生产者提前对商品进行拍照，整理商品的详细信息，将图片和文字上传到线上平台，买家对自己挑选的商品进行检验。之后，商家会根据订单中的商品信息将所需商品交付给物流公司，日本FBA物流公司会根据订单中买家信息采用的配送方式办理出口国和进口国的清关手续，然后由国内物流机构发送给买家。
目前从事 日本FBA物流跨境电商的多为中小企业。由于资源和资金有限，他们通常选择使用第三方综合服务平台。然后由第三方综合服务平台办理通关、出口退税等过程中的非生产性手续。代表企业，从而保证跨境交易。对于跨境电商的进口流程，其实只需要逆向出口操作即可。
日本FBA物流与传统国际贸易模式相比，跨境电子商务具有难以比拟的优势，如突破传统地域限制、受贸易保护影响小、涉及中间商少、价格低、利润率高等；但与此同时，通关、结汇、退税等壁垒明显，贸易争端处理不完善。对比两者，就能看出区别。
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